Rozpoczęcie etapu diecezjalnego zostało dokonane przez arcybiskupa Gwatemali Próspero Penados Del Barrio.

5 kwietnia 2001, po przesłuchaniu świadków i zebraniu dokumentów dotyczących procesu, został zamknięty etap diecezjalny. Dokumenty zostały przekazane Kongregacji ds. Świętych w Rzymie 5 maja 2001.

Postulacji procesu zostały przedstawione świadectwa łask otrzymanych za wstawiennictwem Ernesto Cofińo, pochodzące z całej Ameryki Środkowej, jak i z Meksyku, Stanów Zjednoczonych, Australii, Francji, Hiszpanii i Polski.