Prałatura Opus Dei finansuje się tak, jak diecezje czy inne prałatury, czyli przede wszystkim z darowizn jej wiernych i pozostałych osób, które pomagają jej ekonomicznie.

Inicjatywy apostolskie promowane przez prałaturę w zakresie edukacji, zdrowia, promocji społecznej, itp. – co do których prałatura bierze na siebie jedynie odpowiedzialność za ich chrześcijański charakter – są finansowane podobnie jak inne instytucje tego typu działające w każdym kraju.